Tıp Fakültesi

MED 320 | Ders Tanıtım Bilgileri

Dersin Adı
Klinik Biyoinformatiğin Temelleri
Kodu
Yarıyıl
Teori
(saat/hafta)
Uygulama/Lab
(saat/hafta)
Yerel Kredi
AKTS
MED 320
Güz/Bahar
1
2
2
4

Ön-Koşul(lar)
Yok
Dersin Dili
İngilizce
Dersin Türü
Seçmeli
Dersin Düzeyi
Lisans
Dersin Veriliş Şekli -
Dersin Öğretim Yöntem ve Teknikleri -
Dersin Koordinatörü
Öğretim Eleman(lar)ı
Yardımcı(ları) -
Dersin Amacı Bu derste, bilgisayar bilimi ve programlaması konusunda hevesli olan tıp öğrencilerinin biyoinformatik hakkında bilgi sahibi olma ve bu alanda pratik yapmaları amaçlanmaktadır. Öğrenciler bilgisayar bilimlerindeki becerilerin, tıp alanındaki konulara nasıl entegre edileceğini uygulamalı olarak gerçekleştireceklerdir.
Öğrenme Çıktıları Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
  • 1. Yeni nesil dizi analizinin amacını ve analiz verilerinin klinik kullanımını açıklayabileceklerdir.
  • 2. UNIX sisteminde temel komutları kullanarak basit işlemler gerçekleştirebileceklerdir.
  • 3. Genetik ve biyoinformatikte temel veri tabanlarını kullanabileceklerdir.
  • 4. Komut satırı kullanarak basit biyoinformatik uygulamaları çalıştırabileceklerdir.
  • 5. Klinik genetikte mutasyon ve varyant kavramını açıklayabilecek, temel varyant önceliklendirme işlemlerini yapabileceklerdir
  • 6. Biyoinformatikte klinik perspektifin önemini açıklayabileceklerdir.
  • 7. Temel Filogenetik analizleri gerçekleştirebilecektir.
  • 8. RasMol programı kullanarak, moleküllerin temel grafik görüntülerini düzenleyebilecektir.
Ders Tanımı Genetik, istatistik ve bilgisayar bilimlerinin birleşiminden oluşan ve çok disiplinli bir alan olarak tanımlanan biyoinformatik, yeni nesil sıralama cihazlarından gelen yüzlerce gigabayt veriden doğru ve kaliteli bilgilerin elde edilmesi için son derece önemlidir. \n\nBiyoinformatiğin klinik alandaki uygulamaları, yeni nesil dizi analizi, genetik ve biyoinformatik veri tabanlarının kullanımı, temel filogenetik analizler ve molekül grafik görüntüleme alanlarında uygulamaya dayalı olarak tasarlanan derste, öğrencilere biyoinformatiğin temelleri, giderek artan verileri uygun şekilde şekillendirip yönetmelerini sağlayacak şekilde açıklanacaktır.

 



Dersin Kategorisi

Temel Ders
Uzmanlık/Alan Dersleri
Destek Dersleri
X
İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
Aktarılabilir Beceri Dersleri

 

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

Hafta Konular Ön Hazırlık
1 Genomik veri bilimine giriş Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 1-2.
2 Yeni nesil dizi analizi Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 3.
3 Genetik veritabanları - 1 Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 5.
4 Genetik veritabanları - 2 Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 5.
5 UNIX işletim sistemlerinde temel komutlar William, E. (2019). Linux Command Line, 2nd Edition (pp. 1-37). No Starch Press, Incorporated.
6 Biyoinformatik uygulamalara giriş Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 4.
7 Haritalama ve hizalama Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 6.
8 Ara Sınav
9 Ham veri işleme – İnsan genomu Brown, S. M. (2013). Next-generation DNA sequencing informatics. 1st ed. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, chapter 8.
10 İşlenmiş veriyi değerlendirme – İnsan genomu Brown, S. M. (2013). Next-generation DNA sequencing informatics. 1st ed. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, chapter 8.
11 Metagenomik Brown, S. M. (2013). Next-generation DNA sequencing informatics. 1st ed. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, chapter 11.
12 Temel Filogenetik Analiz-1 (Veri Hazırlanması) The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, 2nd Edition,2009, Chapters 1,2,3,
13 Temel Filogenetik Analiz-2 (Genetik uzaklık ve nükleotid substitüsyon modelleri, maksimum olabilirlik yöntemleri) The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, 2nd Edition,2009, Chapters 4, 5, 6.
14 Moleküler Grafik Görüntüleme (RasMol)
15 Dersin gözden geçirilmesi
16 Final Sınavı

 

Ders Kitabı
  • The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, Second Edition, Edited by Phillippe Lemey,Marco Salami and Anne-Mieke Vandamme, Cambridge University Press, UK, 2009. ISBN-13:978-0-511-71963-9 (E-Book), ISBN-13: 978-0-521-73071-6 (Paperback)

 

  • Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier. ISBN-13: 978-0-12-410471-6.

 

  • William, E. (2019). Linux Command Line, 2nd Edition (pp. 1-37). No Starch Press, Incorporated. ISBN-13: 978-1-59327-952-3.

 

  • Brown, S. M. (2013). Next-generation DNA sequencing informatics. 1st ed. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN-13: 978-1936113873.
Önerilen Okumalar/Materyaller

 

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

Yarıyıl Aktiviteleri Sayı Katkı Payı %
Katılım
Laboratuvar / Uygulama
Arazi Çalışması
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği
Portfolyo
Ödev
1
30
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
Seminer/Çalıştay
Sözlü Sınav
Ara Sınav
1
30
Final Sınavı
1
40
Toplam

Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
2
60
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
1
40
Toplam

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

Yarıyıl Aktiviteleri Sayı Süre (Saat) İş Yükü
Teorik Ders Saati
(Sınav haftası dahildir: 16 x teorik ders saati)
16
1
16
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati
(Sınav haftası dahildir. 16 x uygulama/lab ders saati)
16
2
32
Sınıf Dışı Ders Çalışması
0
Arazi Çalışması
0
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği
0
Portfolyo
0
Ödev
1
10
10
Sunum / Jüri Önünde Sunum
0
Proje
0
Seminer/Çalıştay
0
Sözlü Sınav
0
Ara Sınavlar
1
20
20
Final Sınavı
1
30
30
    Toplam
108

 

DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ

#
Program Yeterlilikleri / Çıktıları
* Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1

İnsan bedeninin normal yapı ve işlevlerini; moleküler, hücresel, doku, organ ve sistem düzeylerinde açıklar, bunları bireylerin sağlığını koruma ve geliştirmeye yönelik (beslenme, egzersiz, aşılama, ruh sağlığı, vb.) öneri, uygulamalar ve klinik durumlar ile ilişkilendirir

X
2

Hastalıkların mekanizmalarını moleküler, hücresel, doku, organ ve sistem düzeylerinde tanımlar; bunları hastalık bulguları, tanı ve tedavi yaklaşımları ile ilişkilendirerek kanıta dayalı kararlar verir.

X
3

Tıbbi karar verme sürecinde etik ilkeler, bilimsel gerçekler, yasal düzenlemeler ile hastanın biyopsikososyal ve kültürel özelliklerini göz önüne alır. Yasalar ve sağlık hizmeti sunumu uygulama standartları çerçevesinde, hastaların özerkliğine, hasta bilgilerinin gizliliğine önem verir ve saygı gösterir.

4

Tıbbi hataları en aza indirmek için hasta güvenliğini önceler, risk değerlendirmesi yapar, gerekli önlemleri alarak tıbbi uygulamaları gerçekleştirir ve kayıt altına alır.

5

Sağlık çalışanları, hastalar ve hasta yakınları ile saygıya dayalı, yapıcı, dil, inanç, ırk ve kültürel özelliklere saygı, empati ve özen temelinde şekillenen, güvene dayalı, açık ve etkin bir iletişim kurar.

6

Hastaların değerleri, inançları, öncelikleri ve gereksinimlerini gözeterek kanıta-dayalı seçenekler sunar ve tıbbi karar verme sürecine katar.

7

Gezegenimizin sunduğu kaynakları korur. Bunların birey ve toplum sağlığı üzerine olan etkilerini gözeterek sağlıklı yaşam biçimlerini yaygınlaştırmayı ve sağlığı olumsuz etkileyen faktörleri gidermeyi görevi sayar.

X
8

Güncel, geçerli ve güvenilir bilgilere teknolojiyi etkin kullanarak ulaşır; bu bilgileri eleştirel olarak değerlendirerek, problemlerin çözümü, kanıta dayalı tıbbi karar verme süreci, hastalıkların önlenmesi, tanısı ve yönetimi için kullanır.

9

Sağlık alanında bilimsel bilgi üretmek üzere sorunları tanımlar, hipotez oluşturur, araştırma ve ekip çalışması yapar, sonuçlarını analiz ederek bilgiyi paylaşır.

X
10

Kendi performansını değerlendirerek ve geri bildirim alarak, geliştirmesi gereken yönlerini ve geliştirme seçeneklerini belirler; bir plan dâhilinde uygular.

11

Kişisel sağlığına, güvenliğine ve görünüşüne önem verir, gerekli önlemleri alarak meslektaşlarına ve topluma örnek olur.

X
12

Yaşam boyu öğrenme ilkeleri çerçevesinde, tıbbi bilgilerini ve kendini sürekli olarak yeniler.

13

Sağlık alanında edinmiş olduğu profesyonel bilgi, görüş, deneyim ve değerlendirmelerini çeşitli iletişim araçları kullanarak, kurumlar, meslektaşları ve toplumla paylaşır.  Sağlık savunuculuğu yaparak, sağlığın korunması ve iyileştirilmesi amacıyla politikaların geliştirilmesine katkı sağlar.   

X

*1 Lowest, 2 Low, 3 Average, 4 High, 5 Highest

 


SOSYAL MEDYA

İzmir Ekonomi Üniversitesi
izto logo
İzmir Ticaret Odası Eğitim ve Sağlık Vakfı
kuruluşudur.
ieu logo

Sakarya Caddesi No:156
35330 Balçova - İzmir / TÜRKİYE

kampus izmir

Bizi Takip edin

İEU © Tüm hakları saklıdır.