Bizi takip edin
|
EN

MED 320 | Ders Tanıtım Bilgileri

Dersin Adı
Klinik Biyoinformatiğin Temelleri
Kodu
Yarıyıl
Teori
(saat/hafta)
Uygulama/Lab
(saat/hafta)
Yerel Kredi
AKTS
MED 320
Güz/Bahar
1
2
2
4

Ön-Koşul(lar)
Yok
Dersin Dili
İngilizce
Dersin Türü
Seçmeli
Dersin Düzeyi
Lisans
Dersin Veriliş Şekli -
Dersin Öğretim Yöntem ve Teknikleri -
Dersin Koordinatörü
Öğretim Eleman(lar)ı
Yardımcı(ları) -
Dersin Amacı Bu derste, bilgisayar bilimi ve programlaması konusunda hevesli olan tıp öğrencilerinin biyoinformatik hakkında bilgi sahibi olma ve bu alanda pratik yapmaları amaçlanmaktadır. Öğrenciler bilgisayar bilimlerindeki becerilerin, tıp alanındaki konulara nasıl entegre edileceğini uygulamalı olarak gerçekleştireceklerdir.
Öğrenme Çıktıları Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
  • 1. Yeni nesil dizi analizinin amacını ve analiz verilerinin klinik kullanımını açıklayabileceklerdir.
  • 2. UNIX sisteminde temel komutları kullanarak basit işlemler gerçekleştirebileceklerdir.
  • 3. Genetik ve biyoinformatikte temel veri tabanlarını kullanabileceklerdir.
  • 4. Komut satırı kullanarak basit biyoinformatik uygulamaları çalıştırabileceklerdir.
  • 5. Klinik genetikte mutasyon ve varyant kavramını açıklayabilecek, temel varyant önceliklendirme işlemlerini yapabileceklerdir
  • 6. Biyoinformatikte klinik perspektifin önemini açıklayabileceklerdir.
  • 7. Temel Filogenetik analizleri gerçekleştirebilecektir.
  • 8. RasMol programı kullanarak, moleküllerin temel grafik görüntülerini düzenleyebilecektir.
Ders Tanımı Genetik, istatistik ve bilgisayar bilimlerinin birleşiminden oluşan ve çok disiplinli bir alan olarak tanımlanan biyoinformatik, yeni nesil sıralama cihazlarından gelen yüzlerce gigabayt veriden doğru ve kaliteli bilgilerin elde edilmesi için son derece önemlidir. \n\nBiyoinformatiğin klinik alandaki uygulamaları, yeni nesil dizi analizi, genetik ve biyoinformatik veri tabanlarının kullanımı, temel filogenetik analizler ve molekül grafik görüntüleme alanlarında uygulamaya dayalı olarak tasarlanan derste, öğrencilere biyoinformatiğin temelleri, giderek artan verileri uygun şekilde şekillendirip yönetmelerini sağlayacak şekilde açıklanacaktır.

 



Dersin Kategorisi

Temel Ders
Uzmanlık/Alan Dersleri
Destek Dersleri
X
İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
Aktarılabilir Beceri Dersleri

 

HAFTALIK KONULAR VE İLGİLİ ÖN HAZIRLIK ÇALIŞMALARI

Hafta Konular Ön Hazırlık
1 Genomik veri bilimine giriş Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 1-2.
2 Yeni nesil dizi analizi Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 3.
3 Genetik veritabanları - 1 Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 5.
4 Genetik veritabanları - 2 Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 5.
5 UNIX işletim sistemlerinde temel komutlar William, E. (2019). Linux Command Line, 2nd Edition (pp. 1-37). No Starch Press, Incorporated.
6 Biyoinformatik uygulamalara giriş Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 4.
7 Haritalama ve hizalama Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier, chapter 6.
8 Ara Sınav
9 Ham veri işleme – İnsan genomu Brown, S. M. (2013). Next-generation DNA sequencing informatics. 1st ed. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, chapter 8.
10 İşlenmiş veriyi değerlendirme – İnsan genomu Brown, S. M. (2013). Next-generation DNA sequencing informatics. 1st ed. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, chapter 8.
11 Metagenomik Brown, S. M. (2013). Next-generation DNA sequencing informatics. 1st ed. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, chapter 11.
12 Temel Filogenetik Analiz-1 (Veri Hazırlanması) The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, 2nd Edition,2009, Chapters 1,2,3,
13 Temel Filogenetik Analiz-2 (Genetik uzaklık ve nükleotid substitüsyon modelleri, maksimum olabilirlik yöntemleri) The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, 2nd Edition,2009, Chapters 4, 5, 6.
14 Moleküler Grafik Görüntüleme (RasMol)
15 Dersin gözden geçirilmesi
16 Final Sınavı

 

Ders Kitabı
  • The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, Second Edition, Edited by Phillippe Lemey,Marco Salami and Anne-Mieke Vandamme, Cambridge University Press, UK, 2009. ISBN-13:978-0-511-71963-9 (E-Book), ISBN-13: 978-0-521-73071-6 (Paperback)

 

  • Choudhuri, S., & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners. London: Elsevier. ISBN-13: 978-0-12-410471-6.

 

  • William, E. (2019). Linux Command Line, 2nd Edition (pp. 1-37). No Starch Press, Incorporated. ISBN-13: 978-1-59327-952-3.

 

  • Brown, S. M. (2013). Next-generation DNA sequencing informatics. 1st ed. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN-13: 978-1936113873.
Önerilen Okumalar/Materyaller

 

DEĞERLENDİRME ÖLÇÜTLERİ

Yarıyıl Aktiviteleri Sayı Katkı Payı %
Katılım
Laboratuvar / Uygulama
Arazi Çalışması
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği
Portfolyo
Ödev
1
30
Sunum / Jüri Önünde Sunum
Proje
Seminer/Çalıştay
Sözlü Sınav
Ara Sınav
1
30
Final Sınavı
1
40
Toplam

Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
2
60
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı
1
40
Toplam

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU

Yarıyıl Aktiviteleri Sayı Süre (Saat) İş Yükü
Teorik Ders Saati
(Sınav haftası dahildir: 16 x teorik ders saati)
16
1
16
Laboratuvar / Uygulama Ders Saati
(Sınav haftası dahildir. 16 x uygulama/lab ders saati)
16
2
32
Sınıf Dışı Ders Çalışması
0
Arazi Çalışması
0
Küçük Sınav / Stüdyo Kritiği
0
Portfolyo
0
Ödev
1
10
10
Sunum / Jüri Önünde Sunum
0
Proje
0
Seminer/Çalıştay
0
Sözlü Sınav
0
Ara Sınavlar
1
20
20
Final Sınavı
1
30
30
    Toplam
108

 

DERSİN ÖĞRENME ÇIKTILARININ PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE İLİŞKİSİ

#
Program Yeterlilikleri / Çıktıları
* Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1

Uygulamaya yönelik bilgi: Biyomedikal, klinik, epidemiyolojik, biyoistatistik, biyomedikal informatik, sosyal ve davranış bilimleri alanındaki bilgilerini tıbbi sorunların önlenmesi, tanısı, sağaltımı ve yönetimi için kullanır.

X
2

Bilgi yönetimi ve Araştırma: Araştırma yoluyla ürettiği ve farklı kaynaklardan eriştiği bilgileri kanıta dayalı hasta yönetim süreçlerinde kullanır.

X
3

Hasta yönetimi: Toplumda sık görülen sağlık sorunlarına yönelik, sağlığı koruma ve geliştirmeyi önceleyen, hasta-merkezli, bütüncül*, güvenli, güvenilir ve kanıta dayalı sağlık hizmeti sunar.

4

Hasta ve çalışan güvenliği: Hastaların ve çalışanların sağlığını ve güvenliğini göz önünde bulundurarak sağlık hizmeti sunar.

5

Sağlığı koruma ve geliştirme: Olağan ve olağanüstü durumlarda sağlık hizmeti sunumunda bireylerin ve toplumun sağlığını koruma ve geliştirmeyi önceler. Klinik hekimlik ve halk sağlığı uygulamalarını bütüncül ve yetkin biçimde gerçekleştirir.

6

Etik ilkelere bağlılık: Mesleğinin gerektirdiği etik ilkeler ile hak ve yasal sorumluluklar çerçevesinde görev ve yükümlülüklerini yerine getirir.

7

Mesleksel yetkinlik: Hasta güvenliğini önceleyen yüksek nitelikli bir sağlık hizmeti sunar. Mesleğini uygularken sınırlarını bilir, kendi performansını değerlendirerek geliştirmesi gereken yönlerini belirler ve bir plan dahilinde uygular.

X
8

Mesleksel erdemler: Toplumun hekimliğe güvenini sarsacak davranışlardan kaçınır. Hastalarına ayrım gözetmeksizin şefkatle ve özenle yaklaşır, onların gönencini kendi çıkarlarının önünde tutar.

9

Sağlıklı hekim-sağlıklı toplum: Kişisel sağlığına, güvenliğine ve görünüşüne önem verir, gerekli önlemleri alarak meslektaşlarına ve topluma örnek olur.

X
10

Gezegen sağlığı ve sağlıklı yaşam biçimleri: Gezegenimizin sunduğu kaynakların birey ve toplum sağlığı üzerine olan etkilerini gözeterek sağlıklı yaşam biçimlerini yaygınlaştırmayı ve sağlığı olumsuz etkileyen faktörleri gidermeyi görevi sayar.

11

Sosyal yükümlülük olarak sağlığı koruma ve geliştirme: Toplum sağlığını koruma ve geliştirmeyi sosyal yükümlülük olarak kabul eder ve hizmet sunduğu toplumun öncelikli sağlık sorunlarını belirleyerek çözümler üretir.

X
12

Sağlık politikaları: Sağlık politikalarının bireylerin ve toplumun sağlık göstergelerine etkisini değerlendirir ve sağlık hizmetlerinin kalitesinin arttırılmasını savunur.

13

Değişim yönetimi: Nitelikli, güvenli ve maliyet etkin sağlık hizmeti sunmaya yönelik değişim gerektiren konuları/süreçleri ve gerekli kaynakları sistematik biçimde tanımlar ve yönetir.

X
14

Kişisel donanımlar: Sağlık hizmetlerinin daha nitelikli, güvenli ve maliyet etkin olmasına yönelik değişikliklere liderlik edebilecek donanımlara sahip olduğuna yönelik kanıtlar sunar.

15

İletişim becerileri: Sözel ve sözel-olmayan iletişimi etkin olarak kullanır. Etkin dinleme davranışları (göz teması, onaylama, söylediklerini özetleme, vb) ile hastalarla anlaşıldıklarını hissettirecek biçimde iletişim kurar.

16

Hasta ve yakınları ile iletişim: Hastalar ve aileleri ile tedavi sürecine olumlu katkısı olan, destekleyici ilişkiler kurar.

17

Nitelikli ve güvenli sağlık hizmeti için iletişim: Hastalar, yakınları, sağlık çalışanları, diğer meslek grupları, kurum ve kuruluşlar ile hasta güvenliği risklerini en aza indirecek ve sağlık hizmetinin niteliğini arttıracak şekilde açık, anlaşılır ve profesyonel ilkelere uygun iletişim kurar. Tüm iletişimlerinde hasta mahremiyeti ve veri güvenliğini gözetir ve korur.

18

Bilimsel araştırmanın ve kanıtların nitelikli ve güvenli sağlık hizmeti sunumundaki yerini ve önemini açıklar. Hizmet verdiği toplumdaki sağlık sorunlarını bilimsel yöntemlerle analiz eder. Kanıtlara ulaşmak için bilgiye erişir. Analiz ettiği bilgiler ve literatürden eriştiği kanıtları daha nitelikli ve güvenli sağlık hizmeti sunmak için kullanır.

19

Refleksiyon: Reflektif yaklaşımlar kullanarak mesleki başarımını sorgular, iyileştirme gerektiren alanları tanımlar ve öğrenme gereksinimini belirleyerek mesleki bilgi ve becerisini geliştirir.

20

Stres yönetimi: Stresle baş etme ve tükenmişliği önlemeye yönelik stratejileri açıklar ve uygular.

*1 Lowest, 2 Low, 3 Average, 4 High, 5 Highest

 


SOSYAL MEDYA

İzmir Ekonomi Üniversitesi
izto logo
İzmir Ticaret Odası Eğitim ve Sağlık Vakfı
kuruluşudur.
ieu logo

Sakarya Caddesi No:156
35330 Balçova - İzmir / TÜRKİYE

kampus izmir

Bizi Takip edin

İEU © Tüm hakları saklıdır.